Pada 23 Jun 2021, McAfee ditemua mati dalam sel tahanannya di Pusat Tahanan Brians 2 di Barcelona. Pihak penjara dan Jabatan Kehakiman Catalonia mengesahkan kematiannya disebabkan pembunuhan diri;[18][19][20][21] berjam-jam selepas Mahkamah Negara Sepanyol mengarahkan pemulangan ke Amerika Syarikat berikutan dakwaan jenayah dari Divisyen Percukaian Jabatan Keadilan Amerika Syarikat negeri Tennessee.[22]

Kematiannya turut menimbulkan kesangsian dengan banyak munculnya teori-teori konspirasi keadaan ini diamati lebih disebabkan pembunuhan sepertimana yang dialami Jeffrey Epstein yang ditemui mati dalam tahanan didakwa atas jenayah antun kanak-kanak.[23] Hal ini turut dikukuhkan pernyataannya di akaun-akaun media sosial berbulan-bulan sebelum kematiannya[24][25] termasuk pelibatan QAnon;[26][27][25] namun ia diterima sebagai perkara yang "aneh" dan "tiada kukuh".[26][27][25]